По пожарот во Трубарево, во објект за рециклирање на отпад, се поставуваат низа прашања за улогата на надлежните институции, особено поради близината на пожарот до значајни објекти како фабрика за храна „Апетит“, ОУ „Крум Тошев“ и црквата Св. Ѓорѓија Победоносец.
Во јавноста се изразени сомнежи и прашања за следните институции:
- Министерство за животна средина: Дали инспекторите знаеле за несоодветното ракување со отпадот или им било наредено да не постапуваат?
- Дали бил свесен за проблемот или бил платен да не го забележува?
- Дали е следен транспортот на нелегалниот отпад?
Дали се вршеле даночни контроли или станува збор за перење пари, а пожарот бил подметнат за да се сокријат траги од корупција?
Исто така, се тврди дека податоците за сопственикот на отпадот се кријат, што ја засилува загриженоста дека вистината нема да биде откриена, слично како и во претходни случаи.